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院内议标计划——单细胞转录组5端+TCR+BCR测序及数据分析(二次)
各供应商:
为开展《**市****点击查看实验室》相关实验项目,需进行单细胞转录组5端+TCR+BCR测序及数据分析,现进行院内议标,
因现场谈判符合要求的供应商不足三家,现进行二次挂网,相关事项公告如下:
一、项目概况
1、项目名称:单细胞转录组5端+TCR+BCR测序及数据分析
2、计划时间安排:具体以实际项目进行情况为准。
二、经费预算
预算控制金额10万元。
三、项目内容
1、9例组织样品的单细胞悬液制备
2、基于10x Genomics单细胞平台的转录组5端+TCR+BCR建库
3、9例组织样品的单细胞数据测序
4、全面的单细胞数据分析
四、项目要求
1、样品消化合格率在90%-100%之间(合格标准:细胞活率大于85%,细胞结团率小于8%);
2、基于10x Genomics单细胞平台的转录组5端+TCR+BCR建库;
3、数据量要求大于150G/样品;
4、每个样品的Fraction Reads in Cells指标在70%-100%之间;
5、每个样品最终获得的细胞数量在8000-10000之间;
6、检测基因数目达到1200个以上/细胞;
7、数据分析需包含以下内容:
转录组5端标准分析内容 | |
细胞预处理 | Seurat细胞过滤 |
Seurat细胞标准化 | |
Scrublet双细胞去除 | |
多样本处理/批次去除 | CellRanger aggr多样本整合分析 |
Seurat(CCA/rPCA)去批次整合 | |
细胞分群鉴定 | 寻找高变基因HVG |
PCA主成分分析 | |
tSNE/UMAP降维分析 | |
Seurat细胞分群 | |
细胞类群间相似度分析 | |
类群差异基因鉴定及功能分析 | 类群标记基因鉴定 |
类群Marker小提琴图、热图、气泡图展示 | |
类群Marker的GO富集/KEGG富集 | |
类群Marker的转录因子注释/疾病注释/蛋白互作 | |
细胞类型注释 | SingleR细胞类型预测 |
样本分组比较分析 | 不同样本中细胞类群占比统计 |
不同样本细胞的tSNE/UMAP分布 | |
不同样本间差异基因分析 | |
各类群中不同样本间差异基因分析 | |
差异基因GO/KEGG/转录因子注释/疾病注释/蛋白互作 | |
拟时轨迹分析 | Monocle2拟时序分析 |
类群Marker随拟时轨迹表达可视化 | |
高级分析内容 | |
细胞通讯网络分析 | CellphoneDB细胞通讯分析 |
变异分析 | InferCNV/CopyKAT恶性细胞分析 |
基因功能与调控分析 | GSVA基因集可变性分析 |
SCENIC转录因子调控分析 |
TCR/BCR标准分析内容 | |
数据预处理 | Cellranger vdj子程序contig组装 |
contig过滤 | |
VDJ基因特征分析 | 高质量contig基因注释 |
各细胞双链配对 | |
每条链基因使用频率统计及柱状图展示 | |
每条链基因配对情况统计及热图、弦图展示 | |
克隆型分析 | 克隆型频率统计及柱状图、蜗牛图展示 |
CDR3序列特征分析 | CDR3氨基酸序列长度统计及可视化 |
CDR3 motif分析 | |
抗原蛋白注释(TCR特有) | VDJdb数据库注释 |
8、投标人自主拥有1-5台单细胞实验仪器;
9、投标人为10x Genomics单细胞平台认证服务商;
10、响应时间:****点击查看医院提供的新鲜组织样品进行单细胞悬液制备和建库,且响应时间24小时,即24小时内实验****点击查看医院指定现场提供上门消化和建库服务;
11、交付期限:本项目交付期为收到组织样品起10-15个工作日完成所有服务内容,并通过电子邮件方式交付完整分析结果和原始数据;
12、其他要求:
(1)中标单位需对需求方提供免费售后技术服务和免费个性化数据分析服务,服务周期不少于24个月;
(2)中标单位需对需求方的数据进行免费保存,保存周期不少于24个月。超过24个月后中标单位可自行删除。
(3)保密要求:中标单位需对实验报告及与实验有关的资料结果进行保密;
六、报价要求
(一)报价人报价不得更改,报价包含服务期间所可能发生的一切费用,采购方不再支付其他任何费用。一旦成交,采购人将不会对其报价做出其他补偿;
(二)报价应包含完成本项目的所有费用,报价人漏报、少报的费用,视为此项费用已隐含在报价中,成交后不得再向采购人收取任何费用;
(三)除另有规定外,若出现有关法律、法规和规章有强制性规定但院内议标文件未列明的情形,则报价人应按照有关法律、法规和规章强制性规定执行;
七、报价文件组成
报价文件采用密封纸质文件递送,报价文件需含以下内容:
(一)营业执照复印件;
(二)法人身份证复印件、若有授权代表请提供身份证复印件及授权委托书;
(三)报价单,需包含项目单价及总价;
(四)项目要求中涉及的相关证明材料。
以上文件加盖公章,装订成册并加盖骑缝章,一式壹份,用文件袋包装并在文件袋封口处加盖公章密封或由授权代表签字密封,****点击查看公司全称、联系人及联系电话,邮寄或现场送达。
收货地址:**市**区**路92-98号门诊五楼保障保卫部
联系电话:陈老师(收)0592-****点击查看658
项目响应文件送达截止时间2025年4月25日17:00前,逾期送达的或不符合规定的响应文件将被拒绝。
八、评价办法
采购小组将根据报名情况另行通知议标时间,从质量和服务均能满足采购文件实质性响应要求的供应商中,按照报价最低的方法确定成交供应商,本项目只接受现场议标,不接受电话议标,视频议标等方式。
九、付款方式
****点击查看医院签订合同。在合同规定的时间内,承包商完成项目,经采购人确认后,承包商开具发票,采购人报销后支付合同款给承包商。
反馈电话:保障保卫部 陈老师0592-****点击查看658
普外科 张老师:187****点击查看7541
监督科室:监察审计室 0592-****点击查看235
****点击查看医院
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2025年4月22 日