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| 小鼠10xGenomics单细胞转录组测序 | 项目编号****点击查看 | |
| 2025-09-18 11:13:44 | 公告截止日期2025-09-23 12:00:00 | |
| ****点击查看 | 付款方式货到验收付款 | |
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| ￥42000.00 | ||
| 符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件 | ||
| 小鼠10xGenomics单细胞转录组测序 | 10 | 只 | 基础医学研究服务 |
| ￥ 4200.00 |
| 本项目包含对小鼠海马组织解离和抽核、10x Genomics平台的单细胞标记、建库、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，并利用“Omicstudio”云分析平台和In-House 自建数据库，对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制大规模单细胞表达图谱。并提供免费不限次数相关高级分析。 1.组织解离细胞悬液合格标准 1)细胞活性：＞85%(如抽取细胞核，该指标<5%)。 2)结团率：＜20%。 3)细胞浓度范围：500~1200cells/μl。 4)细胞直径范围：≤30μm(如抽取细胞核，该指标≤15μm)。 5)有核率：＞70%。 2.数据产出质量和数量要求 1)cDNA 峰形呈正态分布状，介于500bp-8000bp，主峰＞1300bp。 2)DNA 文库浓度≥1.5nM。 3)文库测序数据量≥100GBase（供应商必须配备测序仪：Illumina Novaseq，仪流式细胞仪：BD Aria II/III + Cytek全光谱）。 4)Q30＞85％。 5)测序数据基因组比对率≥85%。 6)细胞平均reads＞20k。 7)细胞基因中位数≥1000(如抽取细胞核，该指标≥800)。 8)线粒体基因比率＜25%的细胞占比70%以上。 9)每个样品细胞捕获数量4000-12000 之间，鉴定的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群，与已发表文献无很大偏差。 3.标准分析内容：（1）数据质控：测序数据统计与整体质控。单样本分析、质控。所有样本分析、质控。细胞基因数、UMI 数、线粒体基因表达过滤。UMI 数量与基因数量相关性分析。细胞基因表达矩阵。（2）样本离群批次去除：去除因不同时间取样、上机等外源因素引入的干扰。（3）细胞聚类及可视化：t-SNE 聚类及可视化（所有样本），UMAP 聚类及可视化（所有样本），t-SNE 聚类及可视化（单个样本），UMAP 聚类及可视化（单个样本）。（4）样本/Cluster细胞构成比例分析。（5）细胞类型定义：SingleR 定义细胞类型，t-SNE 聚类可视化细胞类型，UMAP 聚类可视化细胞类型。（6）Marker 基因分析及展示：Marker 基因（上调基因）筛选，整体Marker 基因热图， 细胞聚类Top10 Marker 基因小提琴图，细胞聚类Top10 Marker 基因Feature plot 图，细胞聚类Top10 Marker 基因气泡图，细胞聚类Top10 Marker 基因Ridge图。（7）功能富集分析：Cluster 间上调/下调基因GO 富集，Cluster 间上调/下调基因KEGG 富集.（8）细胞Cluster基因差异分析：不同Cluster 间差异基因火山图，不同Cluster 间基因表达MA 图。（9）样本间基因差异分析：相同细胞Cluster 样本间基因表达差异分析，相同细胞Cluster 样本间基因表达GO 富集，相同细胞Cluster 样本间基因表达KEGG 富集，相同细胞Cluster 样本间差异基因火山图，相同细胞Cluster 样本间基因表达MA 图。（10）目标细胞群体亚聚类：细胞群体sub-cluster 聚类，t-SNE 聚类及可视化（所有样本），UMAP 聚类及可视化（所有样本），Marker 基因（上调基因）筛选，整体Marker 基因热图，sub-Cluster Top10 Marker 基因小提琴图，sub-Cluster Top10 Marker 基因Feature plot图，sub-Cluster Top10 Marker 基因气泡图，sub-Cluster Top10 Marker 基因Ridge 图，sub-Cluster 间上调基因GO 富集，sub-Cluster 间上调基因KEGG 富集。（11）Marker 基因展示：Heatmap 图，Column graph 图，RidgePlot 图，Dot plot 图，Feature_plot 图，violin 图，气泡图。（12）拟时序分析：拟时序状态轨迹分析，细胞cluster 状态轨迹分布分析，拟时序轨迹分布相关TOP100 基因分析及可视化，拟时序轨迹分布特定基因分析及可视化。 4高级分析内容：（1）RNA 速率（RNAvelocity）：估算RNA 随时间变化的速率，作为预测因子预测细胞命运。（2）细胞互作分析（细胞通讯）：基于表达相关性（聚类图、热图），基于Scanpy，基于配体-受体互作。（3）细胞周期分析：不同细胞Cluster 细胞周期分布，细胞周期分布Feature_plot 图。（4）发育、分化阶段基因数量分布：拟合分析不同分化、发育阶段基因表达数量。（5）功能富集分析：GSVA，GSEA，基因功能网络富集。（6）基因-基因互作图。（7）WGCNA ：基因共表达模块分析，Sample/细胞cluster与Module相关性分析。（8）转录因子分析：通过SCENIC 工具进行转录因子分析。（9）单细胞LncRNA分析。（10）单细胞CNV 分析：分析肿瘤细胞基因组拷贝数变异。（11）单细胞转录组-单细胞ATAC关联分析：分析细胞内表观信息和mRNA 表达信息。（12）转录组与VDJ联合分析：TCR/BCR 多样性在转录组细胞的关联。（13）单细胞转录组-空间转录组关联分析：细胞与空间位置的关联分析。（14）单细胞-Bulk相关性分析。（15）单细胞-m6A 关联分析。（16）单细胞水平m6A 的关联分析。（17）单细胞-miRNA关联分析。 |
| 服务网点:市外;技术支持:5x8小时;售后服务:二年;服务响应时限:报修后2小时;质保期:一年;供货周期:签订合同后30个工作日内;培训要求:培训两次;本项目包含对小鼠海马组织解离和抽核、10x Genomics平台的单细胞标记、建库、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，并利用“Omicstudio”云分析平台和In-House 自建数据库，对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制大规模单细胞表达图谱。并提供免费不限次数相关高级分析。; |
