鹰潭市疾病预防控制中心全基因组测序、宏基因组测序检测项目市场调研询价公告

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简要技术需求

供应商

提供技术需求

报价

1

全基因组测序

30份

1.文库构建： 构建好的文库后进行质量和产量的检测。

2.测序策略及质控：

2.1 PE150及以**通量测序；

2.2 高质量的下机数据≥1G；

2.3基因组覆盖度≥95%；

2.4基因区覆盖度≥98%，整体覆盖深度≥100×；

2.5碱基数据质量值Q30比例≥85%；

2.6组装结果contig数量≤200个；

2.7 对组装结果进行物种注释；

2.8 满足国家致病菌识别网监测工作要求；

2.9根据需求，可提供个性化分析，**耐药基因预测、毒力基因预测、血清型预测、mlst分析、SNP进化树分析。2.10提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

2

宏基因组测序

120份

1.对符合生物安全的生物样本进行宏基因组测序(二代高通量测序)及后续的数据质控，交付完整原始数据、宏基因组分析数据和报告。

2.服务要求：

（1）服务方应对检测内容进行预实验，我中心对预实验结果进行质量复核。

（2）应对核酸进行浓度、纯度检测，测序策略：双端测序，PE150起。

（3）服务方应采用高通量测序技术进行建库测序，每个样品产生的平均原始数据不应低于rawdata数据量：≥10G；

（4）提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

（5）rawdata质量：PE150、PE250及以上测序，Q30以上占比≥85%，Q20以上占比≥90%

（6）数据分析内容：Rawdata过滤原则：去接头序列，去掉平均质量低于20的reads，去除含连续5个及以上N的reads，去宿主序列。

①数据质控（低质量reads过滤、adaptor过滤、宿主过滤）

②基因组组装。

③基因预测、去冗余。

④基因丰度统计：样本基因数目统计、core-pan基因稀释曲线、基因数目差异分析（组间基因数目差异箱图、Venn图/花瓣图）、基因数目的样品间相关性分析。

⑤物种注释及统计：物种丰度概况、注释基因数目及相对丰度聚类分析、基于物种丰度的降维分析、基于物种丰度的。Bray-Curtis距离的降维分析、基于物种丰度的Anosim分析、基于物种丰度的样品聚类分析、组间差异物种的 Metastat分析、组间差异物种的LEfSe分析、随机森林分析。

⑥功能注释及统计：KEGG、eggNOG、CAZy。

⑦功能丰度统计：功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、基于功能丰度的Bray-Curtis距离的降维分析、基于功能丰。

度的Anosim分析、基于功能丰度的样品聚类分析

⑧代谢通路比较分析：代谢通路比较分析、代谢通路注释基因数目及差异EC分析

⑨组间功能差异的Metastat分析、组间功能差异的LEfSe分析

⑩抗性基因注释：抗性基因丰度概况、抗性基因类型的分布及丰度聚类分析、组间抗性基因数目差异分析、抗性基因与物种归属关系。

⑾服务方对检测资料及数据严格保密，不得对外泄露。